PCR primer 디자인 2-primer 3 사용 방법
저번 포스팅에서 다루었듯 Primer를 디자인은 꽤나 많은 부분을 고려하여야 하기 때문에 은근히 복잡하고 귀찮은 과정이다. 하지만 저런 고려 사항들을 계산 해주는 알고리즘을 이용하면 어떨까? 굉장히 쉽게 적절한 primer 쌍을 디자인할 수 있다. 이번 포스팅에서는 'primer 3'라는 프로그램을 통해 primer를 실제로 디자인하는 방법을 알아보려 한다.
Primer 3 website 접속
Priemer 3 프로그램을 통해서 primer를 디자인하기 위해서는 먼저 primer 3 website에 들어가야 한다. 해당 웹사이트에 접속하는 방법은 구글에 직접 primer 3로 검색을 하던가, 다음의 URL을 이용하면 된다 (Primer 3 website: https://primer3.ut.ee/).
PCR primer 디자인
Primer 3 website에 접속을 하면 다음과 같은 화면이 나오고 굉장히 복잡하지만 크게 다른 것을 건드리지 않고 기본 세팅 값으로도 이용할 수 있다.
- 주형 DNA의 염기서열을 기입한다.
- Forward primer (left primer)와 Reverse primer (right primer)를 디자인할 것인지 체크하는 부분이다. 사진과 같이 left와 right primer 둘 다 체크되어 있으면 primer 쌍을 디자인할 수 있다.
- Pick primer를 클릭하면 기입한 주형 DNA 염기서열에서 가장 이상적인 primer 쌍을 얻을 수 있다.
다음 사진과 같이 여기에 필요에 따라 'General Primer Picking Conditions' 섹션에서 몇 가지 옵션을 추가할 수 있는데, 자주 사용하는 것들로 소개해 보겠다.
- 디자인할 primer의 size (bp)와 Tm (℃)을 설정할 수 있다. 최댓값 및 최솟값과 가장 선호하는 값을 각각 기입하면 primer를 원하는 size, Tm으로 디자인할 수 있다.
- Primer 쌍을 디자인할 경우, PCR 산물의 size (bp)의 범위를 설정할 수 있다. 원하는 PCR 산물의 크기가 1000 bp 내외라면 900-1100을 기입할 경우 PCR 산물이 900 bp에서 1100 bp가 되도록 primer 쌍이 디자인된다.
Primer 3 Output 확인 방법
상기의 과정을 통해 세팅을 하고 Pick primer 버튼을 누르게 되면 Primer3 Output 화면이 나오고 다음과 같은 정보들을 얻을 수 있다. 아래의 사진은 기본 세팅 값에 'Product Size Ranges'를 1000-1100으로 기입한 결과이다.
- 디자인된 primer 쌍의 기입한 주형 DNA 상에서의 위치 (bp), 길이 (bp), Tm (℃), 염기서열을 확인할 수 있다.
- 디자인된 primer 쌍과 기입한 주형 DNA 서열을 통해 PCR을 진행하였을 때 생산되는 PCR 산물의 size (bp)를 확인할 수 있다.
- 다른 primer 쌍 후보들을 확인할 수 있다.